Regularmente se utilizan análisis químicos para determinar la calidad del agua. El realizar análisis microbiológicos es una nueva herramienta que se utiliza para determinar el funcionamiento de un ambiente acuático. Se utilizaron análisis microbiológicos para determinar la composición de las comunidades de microorganismos en los sistemas de depuración de aguas de la Universidad EARTH. Estos sistemas son: Laboratorio de Procesamiento de Alimentos y Planta de Lácteos (LPA-PL), biodigestores (cafetería, lechería y porqueriza), Planta Empacadora de Banano y humedales de Las Mercedes. Para la identificación de las diferentes comunidades de microorganismos se realizaron muestras en los efluentes y descargas de cada uno de los sistemas. Para el análisis bajo el microscopio se observó la frecuencia de microorganismos y se tomaron fotografías para luego identificarlos bajo el Sistema Saprobio Alemán y Sistema IBGSV-2010 de El Salvador. Posteriormente se procedió con una caracterización física y química de los efluentes; se realizaron unos análisis de pH, sólidos totales (sólidos suspendidos + sólidos sedimentables), DBO5 (demanda bioquímica de oxígeno), DQO (demanda química de oxígeno), PO4 3– , NO3 – y NH4 + . En cada uno de los sistemas se encontraron microorganismos indicadores de contaminación de aguas. Estos resultados se corroboraron con los análisis fisicoquímicos que también indicaron que los efluentes de los sistemas de descontaminación muestreados indican un ambiente contaminado. Con esta evaluación se puede justificar que los microorganismos son efectivos bioindicadores de la calidad actual del agua. Los microorganismos se pueden utilizar como bioindicadores en diferentes sistemas de aguas, debido a la gran biodiversidad existente.