La reducción y cuantificación de los GEI tiene gran importancia debido a los cambios climáticos presentes alrededor del mundo. El objetivo del presente trabajo consistió en la cuantificación de los GEI y eficiencia al oxidar la materia (DQO), ubicado en los biodigestores de Finca Integrada Pecuaria (FPI) y Cafetería Institucional. Ambos biodigestores se estuvieron analizando por 30 días, tomando muestras de DQO por la entrada y por la salida del sistema para evaluar la eficiencia y poder cuantificar la reducción de los GEI. Para el biodigestor de FPI se obtuvo una mayor eficiencia en el sistema para degradar la materia orgánica, consecuencia de que el agua residual contiene más nutrientes para que los microorganismos puedan trabajar más eficientemente, sin embargo la reducción de los GEI fueron menores comparado al biodigestor de cafetería institucional, para las muestras de DQO fue necesario realizar diluciones debido al alto contenido de materia orgánica que presentaban las muestras al entrar al sistema. Para el biodigestor de cafetería institucional la eficiencia que tuvo el biodigestor para degradar la materia orgánica (DQO) al momento de la producción de biogás fue menor, las muestras de entrada y las muestras de salida del sistema fueron similares tanto en color como en el análisis de DQO. Las aguas residuales que entran a este sistema pasa por varios filtros y separadores que eliminan gran parte de la materia orgánica. Comparado al biodigestor de Cafetería Institucional con el biodigestor de FPI, el primero tuvo una mayor reducción de GEI.