Los sistemas de producción de ganado de doble propósito de América Latina, se caracterizan por presentar niveles productivos o reproductivos bajos si se comparan con sistemas de producción de carne o leche en Norteamérica o Europa. La selección animal y la biología molecular pueden ser herramientas útiles para encontrar, tanto en campo como en laboratorio, las mejores características productivas o reproductivas de importancia económica que garanticen la sostenibilidad de los sistemas de producción en las regiones tropicales. El objetivo de este trabajo fue el validar protocolos de extracción y cuantificación de ADN de bovinos [Brahman (Bos indicus L.) y Holstein (Bos taurus L.)] seleccionados de doble propósito en la Finca Pecuaria Integrada de EARTH (FPI). Para cumplir con este objetivo se evaluaron 731 datos de 117 animales, con el fin de escoger los mejores de ellos a través de índices de selección para las características de producción de leche, peso al destete e índice de ganancia diaria de peso. Además se evaluaron tres diferentes metodologías de extracción de ADN a partir de sangre mediante electroforesis y espectrofotometría. A través de este trabajo se lograron seleccionar los mejores animales del hato y se validó un protocolo de extracción de ADN.