Se realizó una caracterización morfológica de los hongos micorrícico arbusculares (HMA), provenientes de un experimento de inoculación cruzada en invernadero. Las plantas hospederas fueron cacao (Theobroma cacao L.) y guaba (Inga edulis Mart.). Los inóculos consistieron en las raíces de cada árbol y un adobe de suelo, provenientes de un sistema agroforestal orgánico del trópico húmedo de Costa Rica. En T. cacao se observó un mayor porcentaje de arbúsculos tipo paris que arum; en I. edulis ambos tipos de arbúsculos (paris y arum) se presentaron en porcentajes similares. Se identificaron 12 morfotipos de esporas. La estructura poblacional de las esporas de HMA cuando se utilizó el inóculo de adobe fue diferente a la obtenida con el inóculo de raíces de I. edulis o T. cacao. Las poblaciones provenientes de las raíces de ambas especies fueron relativamente parecidas. Las mismas morfoespecies de HMA colonizaron los dos hospederos, sugiriendo posibles interacciones entre éstos árboles vía conexiones hifales en los sistemas agroforestales.