El manejo de bioindicadores de la calidad de aguas en comunidades rurales resalta la importancia de capacitar a grupos organizados para identificar la calidad de los recursos hídricos, mediante el aprendizaje y ejecución con métodos de muestreo de macroinvertebrados (bioindicadores), que pueden complementarse con evaluaciones físico-químicas (pH, DQO, DBO, T, OD). Con la participación de estudiantes del cantón de Guácimo se realizaron biomonitoreos en ríos, y según los índices BMWP’-CR (Biological Monitoring Working Party, modificado para Costa Rica) la quebrada Mercedes y el río Guácimo presentaron un nivel de regular calidad del agua (contaminación moderada), y el río Dos Novillos y la quebrada del colegio Guácimo niveles de mala a regular calidad de agua (contaminadas a contaminación moderada). Durante la implementación y práctica del proceso del biomonitoreo los niños de las escuelas desarrollaron conciencia del medio ambiente, habilidades para organizarse, e incorporaron esta técnica en el proceso comunitario de la evaluación de los recursos hídricos. Con respecto a presencia y cantidad durante los muestreos, los macroinvertebrados colectados en mayor abundancia fueron los órdenes: Trichoptera, Coleoptera, Ephemeroptera, Odonata, Plecoptera y Hemiptera.